Įprastinė MBR membranų priežiūra reikalauja nuolatinio valdymo, paprastai kas valandą ar kasdien. Pavyzdžiui, vėdinimo sistemos turi veikti 24 valandas per parą, kad ant membranos paviršiaus nesikauptų dumblas. Norint išlaikyti stabilų membranos srautą, operacijos metu atliekamas periodinis atgalinis plovimas internetu, paprastai kas kelias minutes ar dešimtis minučių. Šis etapas yra nuolatinė priežiūra ir nėra prastovų.
Reguliari priežiūra paprastai atliekama kas savaitę arba kas mėnesį. Maždaug kas 1–4 savaites atliekamas intensyvus atbulinis plovimas arba atstatomasis valymas, siekiant pašalinti palaipsniui susikaupusius organinius teršalus ir kietųjų dalelių užsikimšimą. Jei sistema veikia esant blogai vandens kokybei arba esant didelei apkrovai, priežiūros dažnis bus padidintas, kad būtų išvengta nuolatinio transmembraninio slėgio skirtumo (TMP) didėjimo.
Gili priežiūra ir cheminis valymas paprastai atliekami kas 3–6 mėnesius. Cheminis valymas (CIP) naudoja tokias priemones kaip natrio hipochloritas ir citrinų rūgštis, kad pašalintų negrįžtamus teršalus. Sistemoms su geresnėmis eksploatavimo sąlygomis ciklas gali būti pratęstas iki 6–12 mėnesių ar net ilgiau. Pagrįsti priežiūros ciklai gali žymiai pailginti membraninio bioreaktoriaus tarnavimo laiką ir išlaikyti stabilų nuotekų našumą.