EDI moduliai paprastai susideda iš kelių pagrindinių komponentų, kurie kartu standartizuoja ir automatizuoja duomenų perdavimą tarp įmonių. Apskritai, juos galima suskirstyti į duomenų konvertavimo sluoksnį, ryšio perdavimo sluoksnį, verslo žemėlapių sluoksnį ir sistemos integravimo sluoksnį, kurių kiekvienas turi savo pareigas.
Duomenų konvertavimo ir atvaizdavimo modulis yra vienas iš pagrindinių EDI komponentų. Ji yra atsakinga už neapdorotų duomenų iš vidinių įmonės sistemų (pvz., ERP arba CRM duomenų) konvertavimą į EDI pranešimus, atitinkančius standartinius formatus, tokius kaip EDIFACT arba ANSI X12. Kartu ji taip pat yra atsakinga už atvirkštinį išorinių partnerių duomenų analizavimą, paverčiant juos struktūriniais duomenimis, kuriuos atpažįsta įmonės vidinės sistemos. Šiame procese lemiamą vaidmenį atlieka lauko žemėlapių sudarymo taisyklės ir duomenų patvirtinimo taisyklės.
Ryšio ir perdavimo modulis pirmiausia yra atsakingas už saugų EDI pranešimų perdavimą tarp skirtingų įmonių. Įprasti metodai yra VAN tinklai, AS2 protokolai arba API{2}}pagrįsti perdavimo metodai. Šis modulis paprastai taip pat apima pranešimų eiles, pakartotinio bandymo mechanizmus ir perdavimo būsenos stebėjimą, kad būtų užtikrintas patikimas duomenų pristatymas net sudėtingose tinklo aplinkose.
Sistemos integravimo ir valdymo modulis naudojamas EDI galimybėms įterpti į esamas įmonės verslo sistemas. Paprastai jis yra giliai integruotas su ERP, WMS arba tiekimo grandinės valdymo sistemomis, siekiant automatizuoti verslo procesus, tokius kaip užsakymų apdorojimas, pristatymas ir suderinimas. Kartu šis modulis teikia registravimo, išimčių tvarkymo ir stebėjimo funkcijas, palengvinančias įmonių duomenų mainų procesų sekimą ir valdymą.